วิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก มหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม ได้ถูกก่อตั้งเมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม พ.ศ. 2549 โดยการสนับสนุนของอธิการบดี รองศาสตราจารย์มานพ พราหมณโชติ ในขณะนั้น เพื่อผลิตบัณฑิตหลักสูตรการแพทย์แผนจีนบัณฑิตเป็นแห่งแรกของประเทศไทย โดยมีรองศาสตราจารย์พรผจง เลาหวิเชียร เป็นผู้ริเริ่มและดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือกเป็นคนแรก
     ต่อมาในวันที่ 14 ธันวาคม 2549 ได้เปิดสถานพยาบาลการแพทย์แผนจีนขึ้น เพื่อเป็นสถานที่สำหรับฝึกประสบการณ์วิชาชีพของนักศึกษาสาขาการแพทย์แผนจีน และให้บริการวิชาการด้านการดูแลสุขภาพด้วยศาสตร์การแพทย์แผนจีนแก่บุคคลทั่วไป
     ในระหว่าง พ.ศ. 2549 จนถึงปัจจุบัน (ปี พ.ศ. 2566) วิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก ได้มีความร่วมมือกับมหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนที่มีชื่อเสียงในสาธารณรัฐประชาชนจีนหลายแห่ง อาทิเช่น มหาวิทยาลัย
เซียะเหมิน มณฑลฟูเจี้ยน มหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนกว่างสี มณฑลกว่างสี และมหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนเหลียวหนิง มณฑลเหลียวหนิง ในการพัฒนาการเรียนการสอน และศักยภาพด้านสถานพยาบาล
มาโดยตลอด
     ความร่วมมือที่เกิดขึ้นยาวนานที่สุด คือ การลงนามความร่วมมือกับมหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนเหลียวหนิง และโรงพยาบาลสาธิตแห่งที่ 2 สังกัดมหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนเหลียวหนิง มณฑลเหลียวหนิง ประเทศสาธารณรัฐประชาชนจีน โดยเริ่มตั้งแต่ พ.ศ. 2550 ถึงปัจจุบัน (พ.ศ. 2566) รวมเป็นระยะเวลา 16 ปี ซึ่งตลอดระยะเวลาวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือกได้ส่งนักศึกษาหลักสูตรการแพทย์แผนจีนชั้นปีที่ 4 เดินทางไปฝึกประสบการณ์วิชาชีพ ณ โรงพยาบาลสาธิตแห่งที่ 1 สังกัดมหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนเหลียวหนิง เป็นระยะเวลา 1 ปีการศึกษา นอกจากนี้ยังมีการทำความร่วมมือกับสมาคมแพทย์จีนประเทศไทย เมื่อวันที่ 21 กันยายน พ.ศ. 2561 ซึ่งจะเป็นประโยชน์ต่อบุคลากรและนักศึกษาของวิทยาลัยจะได้พัฒนาด้านงานวิจัย งานวิชาการ การเรียนการสอน การฝึกประสบการณ์วิชาชีพทางคลินิก การจัดกิจกรรมทางวิชาการ รวมถึงการสร้างความรู้ใหม่ร่วมกับสมาคมแพทย์จีนประเทศไทย
     ความก้าวหน้าในความร่วมมือที่สำคัญที่สุด คือ ในวันที่ 28 พฤศจิกายน พ.ศ. 2561 วิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก มหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม ภายใต้การผสานความร่วมมือของศาสตราจารย์ ดร.หลี่ กั๊ว ซิน ผู้อำนวยการโรงพยาบาลสาธิตแห่งที่ 2 สังกัดมหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนเหลียวหนิง และผู้ช่วยศาสตราจารย์พิสุทธิ์ พวงนาค คณบดีวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก มหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษมขณะนั้น ได้รับการพิจารณาคัดเลือกจากสาธารณรัฐประชาชนจีนให้เป็น 1 ใน 31 หน่วยงานของหน่วยงานแต่ละประเทศทั่วโลกเพื่อเป็นศูนย์กลางของโครงการเส้นทางสายไหมศตวรรษที่ 21 หรือ One Belt One Road ที่สาธารณรัฐประชาชนจีน มีนโยบายในการเผยแพร่วัฒนธรรมไปสู่ประเทศต่าง ๆ ทั่วโลก โดยใช้ศาสตร์การแพทย์แผนจีนเป็นสื่อกลาง นอกจากนั้นยังได้จัดการประชุมวิชาการด้านการแพทย์แผนจีนระดับชาติและนานาชาติสลับกันทุกปี เพื่อแลกเปลี่ยนเรียนรู้ความก้าวหน้าในศาสตร์การแพทย์แผนจีน ทั้งในเรื่องของการรักษาโรค ตำรับยาโบราณ การดูแลสุขภาพ รวมทั้งการเรียนการสอนและการวิจัย ภายใต้โครงการเส้นทางสายไหมศตวรรษที่ 21 หรือ One Belt One Road นี้ วิทยาลัยการแพทย์ทางเลือกจะได้รับการสนับสนุนทางวิชาการด้านศาสตร์การแพทย์แผนจีนทั้งด้านคลินิก การเรียนการสอน การวิจัย และการปรึกษาผ่านระบบทางไกลตลอดเวลา โดยสาธารณรัฐประชาชนจีนจะส่งผู้เชี่ยวชาญด้านศาสตร์การแพทย์แผนจีนมาเป็นพี่เลี้ยงและสนับสนุนกิจกรรมในทุกด้านที่เกี่ยวข้องกับศาสตร์การแพทย์แผนจีน โดยค่าใช้จ่ายทั้งหมดสาธารณรัฐประชาชนจีนเป็นผู้รับผิดชอบ และด้วยความร่วมมือนี้เองจึงได้มีการจัดตั้งศูนย์ฟื้นฟูผู้ป่วยโรคหลอดเลือดสมอง ซึ่งตั้งอยู่ที่ชั้น 4 อาคารสถานพยาบาลการแพทย์แผนจีน ภายในศูนย์ฟื้นฟูผู้ป่วยแห่งนี้มีอุปกรณ์กายภาพที่ทันสมัย รองรับการรักษาแบบคู่ขนานไปกับการรักษาด้วยศาสตร์การแพทย์แผนจีน ผู้ป่วยจะได้รับการดูแลรักษาภายใต้คำแนะนำของนักกายภาพวิชาชีพอย่างใกล้ชิด และเพื่อเป็นการบรรเทาความเดือดร้อนด้านสุขภาพให้กับประชาชน ซึ่งเป็นปณิธานสูงสุดของหน่วยงาน วิทยาลัยการแพทย์ทางเลือกได้กิจกรรมจิตอาสาที่ใช้ชื่อว่า “รวมใจภักดิ์จิตอาสาเพื่อประชาพ้นโรค” โดยรวมแพทย์จีน บุคลากรสายสนับสนุนวิชาการ และนักศึกษาของวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือกร่วมกันให้บริการด้านสาธารณสุข ซึ่งจัดขึ้นในวันเฉลิมพระชนมพรรษา พระบาทสมเด็จพระปรเมนทรรามาธิบดีศรีสินทรมหาวชิราลงกรณ พระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัวทุกปี และจัดตรวจรักษาด้วยศาสตร์การแพทย์แผนจีนให้ประชาชนโดยไม่คิดค่าใช้จ่าย
     นอกจากนี้วิทยาลัยการแพทย์ทางเลือกได้ริเริ่มให้มีการจัดกิจกรรมแข่งขันทักษะทางวิชาชีพสู่ความเป็นเลิศด้านศาสตร์การแพทย์แผนจีน ระดับประเทศ เพื่อมุ่งเน้นให้นักศึกษาหลักสูตรการแพทย์แผนจีนทุกสถาบันในประเทศไทยได้ทำกิจกรรมอื่น ๆ นอกเหนือจากการเรียนในตำรา เพื่อยกระดับความรู้ด้านศาสตร์การแพทย์แผนจีนให้กับผู้เรียนสาขาการแพทย์แผนจีนทั่วประเทศ ผสานความรู้ในตำราทั้งศาสตร์และศิลป์สู่การใช้งานจริง โดยแบ่งเป็นการแข่งขันตอบปัญหาเชิงวิชาการเพื่อพัฒนาทักษะด้านศาสตร์การแพทย์แผนจีน การกล่าวสุนทรพจน์ด้วยองค์ความรู้ศาสตร์การแพทย์แผนจีน การประกวดเรียงความ การประกวดวาดภาพ และกิจกรรมการประกวดยุทธลีลาแบบจีน
     ตลอดระยะเวลา 17 ปี (พ.ศ. 2549 - 2566) วิทยาลัยการแพทย์ทางเลือกได้เปิดโอกาสให้กับผู้ที่สนใจในการศึกษาในศาสตร์การแพทย์แผนจีนเข้ามาศึกษาได้โดยไม่จำกัดด้านอายุ เพศ แผนการเรียนที่สำเร็จการศึกษา เชื้อชาติและศาสนา โดยมีผู้เข้ามารับการศึกษาแล้วกว่า 803 คน ได้ผลิตบัณฑิตแพทย์จีนไปแล้วกว่า 476 คน และเป็นแพทย์จีนที่มีใบประกอบวิชาชีพรับใช้สังคมอยู่มากถึง 341 ราย ศิษย์เก่าที่จบการศึกษาไปแล้วได้ทำคุณประโยชน์ให้แก่ประเทศชาติในหลากหลายแห่ง เช่น เป็นแพทย์จีนในโรงพยาบาลของรัฐ โรงพยาบาลและคลินิกเอกชน เป็นเจ้าของกิจการเกี่ยวกับยาสมุนไพรจีน เป็นต้น
     ต่อมาในปี พ.ศ. 2566 สภามหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม ในคราวประชุมครั้งที่ 3/2566 เมื่อวันที่ 16 มีนาคม พ.ศ. 2566 ออกประกาศให้ปรับโครงสร้างส่วนงานภายในของมหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม ดังนี้
(1) วิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก ตามข้อบังคับมหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม ว่าด้วยวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก พ.ศ. 2549 ปรับโครงสร้างเป็นสาขาวิชาการแพทย์แผนจีน สังกัดคณะวิทยาศาสตร์
(2) สถานพยาบาลการแพทย์แผนจีน ตามประกาศมหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม เรื่อง การจัดตั้งสถานพยาบาลการแพทย์แผนจีน มหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม ประกาศ ณ วันที่ 22 มีนาคม พ.ศ. 2559 ปรับโครงสร้างเป็นงานสถานพยาบาลการแพทย์แผนจีน สังกัดคณะวิทยาศาสตร์
ทั้งนี้ ตั้งแต่วันที่ 17 มีนาคม พ.ศ. 2566 เป็นต้นไป